在功能上可划分为口岸作业区和作业保税区，两区之间可以是虚拟的边界，
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深圳保税区现有3万平米保税仓库对外合作，主营：保税厂房，仓储物流，报关报检。
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国际中转：国际中转是从物流角度出发，转口贸易是从货物产权角度。因此就会有一类货物既是国际中转货物又是转口贸易货物。有的综保区会给予国际中转业务的企业****仓储补贴。
检测和售后服务维修业务：区内企业可以以保税方式将存在部件损伤、功能失效、质量缺陷等问题的货物或运输工具从境外运入综保区内进行检测、维修后复运出境，或从境内区外运入区内检测维修后复运出区进入境内。该类业务不包含外籍船舶、航空器。一般对此类企业可给予厂房租金补贴和运营补贴等。
商品展示：通过提供担保的形式，将进口商品运至综保区规划面积以内、围网以外综合办公区专用的展示场所或区外其它固定场所，进行展示和交易，展示的商品只有在交易后才正式缴纳进口环节税费，可减轻企业资金占用和经营成本。可给予此类业务的企业运营补贴。
研发、加工、制造：利于整体降低研发成本，形成优惠政策叠加，目前有的综保区对加工制造类企业按照加工进出口货值给予物流运费补贴，对保税研发类企业给予研发费用补贴及运营补贴。
港口作业：在有港口的综保区的口岸作业区内，进行集港调度、货物装卸等口岸作业。
经海关批准的其它业务
综合保税区不可以做哪些业务
1. 国家禁止进出口的货物、物品不得入区；
2. 区内企业不得开展高能耗、高污染和资源性产品以及列入《加工贸易禁止类商品目录》商品的加贸业务；
3. 列入《禁止进口机电产品目录》且属中国生产并出口的机电产品，如要入区进行售后维修，必须报商务等部门审核；
4. 综合保税区内企业不得建立商业性生活消费设施和开展商业零售业务。
综合保税区的作业区
在功能上可划分为口岸作业区和作业保税区，两区之间可以是虚拟的边界，通过电子信息系统分别进行管理。（一般贸易项下的直接进出口货物，不实行保税备案管理，此时仅体现口岸功能；一般贸易货物出口至综保区的保税作业区再通过加贸方式进口至境内加工贸易企业，可以解决进入加工贸易生产链的国内料件无法退税的问题）
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